人流后造成月经不调的原因有很多，更为常见的几种分别是卵巢无法对促性腺激素产生正常的反应。在手术过程中突然的终止女性的妊娠，使得卵巢无法适时对垂体前叶促性腺激素产生正常反应，进而引起月经不调和小腹疼痛；子宫内膜异位症引起月经不调。手术的进行增加了宫腔蜕膜逆流入盆腔的几率，易引起子宫内膜异位症，此类子宫内膜异位症有可能引起月经不调和小腹疼痛的现象；内分泌紊乱。

人流手术的刺激可引起女性内分泌功能产生紊乱，影响女性正常的生理现象，导致月经不调和小腹疼痛；宫腔操作不当。选择了不正规的医院，的技术不佳，宫腔操作过程不当也会增加女性感染的几率，引发子宫内膜炎、盆腔结缔组织炎、附件炎等。